Narodowe Centrum Badań i Rozwoju jest agencją wykonawczą Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Powołane zostało latem 2007 roku jako jednostka realizująca zadania z zakresu polityki naukowej, naukowo-technicznej i innowacyjnej państwa.
W momencie powstania było pierwszą jednostką tego typu, stworzoną jako platforma skutecznego dialogu między środowiskiem nauki i biznesu.
Obecnie działa na podstawie ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 roku o Narodowym Centrum Badań i Rozwoju (Dz. U. 2010, Nr 96 poz. 616). Wprowadzona jesienią 2010 roku reforma nauki pozwoliła Centrum na większą swobodę w dysponowaniu środkami finansowymi, w ramach strategicznego programu badań.
Dodatkowo 1 września 2011 roku NCBR poszerzyło zakres swojej działalności o nowe inicjatywy i możliwości. Przejmując od Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego funkcję Instytucji Pośredniczącej w trzech programach operacyjnych: Kapitał Ludzki, Innowacyjna Gospodarka oraz Infrastruktura i Środowisko, stało się jednym z największych centrów wspierania innowacyjności w Polsce.
W unijnej perspektywie finansowej 2014-2020 NCBR pełni funkcję Instytucji Pośredniczącej w programach operacyjnych: Inteligentny Rozwój oraz Wiedza Edukacja Rozwój. Na lata 2021-2027 planowane są konkursy m.in. w ramach Funduszy Europejskich dla Nowoczesnej Gospodarki (FENG).
Działalność Centrum finansowana jest ze środków skarbu państwa oraz funduszy Unii Europejskiej.